星际争霸：母巢之战

 在第一章节的神族剧情中，神族的母星艾尔已经成为废墟，奥达里斯、泽拉图尔和阿坦尼斯带领幸存的神族一同转移至黑暗圣堂武士的故乡莎库拉斯。随后他们遇见了黑暗圣堂武士的首领瑞莎格尔。瑞莎格尔告诉他们星球表面存在着一座萨尔娜迦人遗留的神庙，其威力足以扫净星球上的所有虫族。同时，莎拉·凯瑞甘告诉神族一个新的主宰正在诞生。于是神族被迫联合了凯瑞甘一同寻求两块激活神庙能量所必需的水晶。当他们返回时，奥达里斯发动了一场起义对抗黑暗圣堂武士与凯瑞甘的联盟。然而起义失败，奥达里斯亦被凯瑞甘所杀。此时神族终于明白了凯瑞甘的真正意图是使莎库拉斯上的脑虫死亡，使她自己得以控制虫群。尽管获知启动神庙将会使凯瑞甘如愿以偿，神族此时没有其他的选择。阿坦尼斯和泽拉图尔最终启动了神庙，扫净了莎库拉斯上的全部虫族。

在第二阶段的人族剧情中，玩家率领地球联合理事会的远征舰队进攻人族帝国。舰队起初遇到了一位抗击人族帝国的特工萨米尔·杜兰，斯图科夫将其视为一位特殊顾问。舰队在杜兰的帮助下取得了第一次胜利。UED很快在前人族联邦首都行星塔桑尼斯上发现了“幽能干扰器”——一种可以干扰虫族通信的设备。杜兰说服了杜格尔司令将其摧毁，但在最后关头斯图科夫将其制止。远征军随后开始进攻人族帝国的首都柯哈行星。玩家击败了行星上的守军，但蒙斯克本人却被吉姆·雷诺率领的一支小型神族舰队救走。UED跟随他们到了艾尔行星，但由于杜兰擅自离守导致行动遭到虫族的严重干扰，蒙斯克趁机逃脱。杜兰此举震惊了斯图科夫，再加之杜格尔并未意识到杜兰的背叛，斯图科夫独自率领了一支分队重新建造幽能干扰器。杜格尔却听信了杜兰派其杀死了斯图科夫。临死前斯图科夫说出了真相：杜兰是真正的敌人，他在为莎拉·凯瑞甘服务。玩家随后挫败了杜兰摧毁幽能干扰器的阴谋，杜兰逃脱。借助幽能干扰器的力量，远征军终于在查尔行星上的虫族世界中使用强有力的药剂俘获了正在成长的新主宰。

最后一章的虫族剧情中，莎拉·凯瑞甘带领虫族夺取了星区内的最终胜利。UED的入侵使得星区内所有的原先势力遭到削弱。剧情一开始，凯瑞甘、杜兰与吉姆·雷诺、菲尼克斯和蒙斯克达成了一个勉强的同盟，共同摧毁了幽能干扰器。随后他们筹集了大量资源展开对柯哈行星的反攻，很快突破了UED的防线。然而凯瑞甘随后背叛了她的同盟，杀死了菲尼克斯和蒙斯克手下的将军埃德蒙·杜克，并重创了人族帝国的部队。随后，凯瑞甘和杜兰来到莎库拉斯行星，劫持了瑞莎格尔，迫使泽拉图尔协助虫族消灭了新生的主宰，使所有的虫族服从于凯瑞甘的统治。此后泽拉图尔试图强行将瑞莎格尔抢回，但在逃离时被玩家击败。泽拉图尔此时意识到瑞莎格尔已经被凯瑞甘无可挽回地感染，于是杀死了瑞莎格尔，离开了查尔行星。在他流浪的途中，偶然发现了杜兰在进行一项不为人知的神族-虫族基因混合实验。而此时UED、人族帝国和阿坦尼斯率领的神族舰队同时大举进攻凯瑞甘。尽管如此，虫族还是彻底击败了这三支舰队，使凯瑞甘成为了星区内真正的统治力量。

在剧情结束之时，UED远征军被虫族彻底消灭，蒙斯克返回了柯哈行星重建他的帝国，阿坦尼斯回到莎库拉斯重建神族一度辉煌的文明，而吉姆·雷诺和泽拉图尔则分别朝着宇宙的不同方向独自流浪。