游戏剧情:
在1969年,军方建立了一个叫Idaho的小镇,宣称是为了试验“一种类似核辐射的化合物,以观察其在人类后代中的影响,并且是无害的”,暗地里对其居民在他们不知情的情况下进行各种生化试验,随后生化感染爆发,由将军Peter Randall带领的军队Blackwatch清洗了整个小镇,官方将此事件成为Idaho Runner,并严格保密。
在小镇的医院中将军发现了刚刚生下一个小孩的Elizabeth Greene,将军遂宣称其母女为军方财产,Greene也成为小镇上唯一的幸存者。
(在游戏中提到了这个小孩,代号PARAIAH,出此之外没有后文了,估计游戏会有续集)
在小镇上进行研究的病毒并不是用作武器的,记忆细胞中有关描述为“一种使得宿主更智慧、更具活力”的病毒,然而在1969年病毒产生变异而具有攻击性,Greene也成了这种新变种病毒的唯一宿主。这些发现令军方开启了另一个基因计划——Blacklight,并建立Gentek公司进行研究,而Blacklight病毒被明确地用于武器用途。在三十多年里,Greene一直被作为实验品参与Blacklight病毒的研究,其年龄居然没有任何变化。
主人公Alex Mercer和前女友都任职于Gentek,在通过其从事新闻工作的妹妹口中得知公司将有一场整肃运动时,Alex Mercer偷走了Blacklight病毒,但在Penn Station被公司的人追上并杀害,装病毒的试管也随即被打破,此时,Alex Mercer感染了Blacklight病毒,同时病毒第一次从Penn Station扩散开来。
病毒侵入了Alex Mercer的尸体并复制了他,醒来后的Alex Mercer丧失了记忆并获得了病毒带来的超能力。在追寻记忆的过程中,Alex Mercer到Gentek释放了Greene,造成了纽约全城不可逆转的感染,情况逐渐恶化。通过Alex Mercer和军队的努力(当然Alex Mercer和军队也是势不两立,军队始终想擒获Alex Mercer),Alex Mercer成功打败了Greene并吸收了她的记忆。
随后Alex Mercer暗中得到Blackwatch军中指挥官xxx的帮助(名字忘了。。是最后的Boss),找到了Blacklight项目的主管及将军,Alex Mercer最后发现xxx利用了自己(实际上在xxx来找主角的时候他已经被病毒感染了),遂与xxx在航母甲板上展开决战,最后在核弹即将爆炸的时刻,Alex Mercer将核弹投入曼哈顿海中,保存了纽约,而纽约的生化感染仍未结束,Alex Mercer也获悉了自己的过去。